El Secretario establecerá un programa para la protección, conservación y manejo de los arrecifes de coral, el cual deberá contemplar la mejor utilización de los recursos existentes e implantar los mecanismos adecuados que permitan el manejo, la conservación y protección de los arrecifes de coral para el disfrute y beneficio del pueblo de Puerto Rico.

El Programa deberá establecer una comunicación efectiva con las agencias e instrumentalidades estatales y federales, entidades educativas o científicas que pudieren tener injerencia o jurisdicción sobre cualquier aspecto de este capítulo. Se crea un comité asesor que será presidido por el Director del Negociado de Pesca y Vida Silvestre, y estará compuesto por los siguientes miembros permanentes o un representante que éstos designen: Presidente de la Junta de Planificación, Presidente de la Junta de Calidad Ambiental, Director de la Compañía de Turismo, Secretario del Departamento de Agricultura, Director del Servicio Federal de Pesca y Vida Silvestre, Director del Consejo Caribeño de Administración Pesquera, Director del Servicio Nacional de Pesca Marina, dos o más miembros de la comunidad científica o universitaria y cualquier otro miembro que el Secretario estime necesario, cuya función esté relacionada con los fines de este capítulo y que esté facultado para brindar el asesoramiento técnico y profesional necesario al Secretario para la implantación de este capítulo. Los miembros del comité asesor que no sean ex officio serán seleccionados por el Secretario.

El Programa proveerá los criterios científicos para identificar las áreas de recuperación arrecifal y áreas ecológicamente sensitivas, y las actividades que deberán ser restringidas o prohibidas en tales áreas. Además, preparará una metodología para evaluar los impactos socioeconómicos de cualquier prohibición o restricción de actividades humanas en tales áreas.

Las áreas de recuperación arrecifal se establecerán para el desarrollo de los siguientes objetivos: mantener una diversidad alta de especies marinas, una alta diversidad genética y de comportamiento; mantener poblaciones con los tamaños reproductivos que sean capaces de aumentar las poblaciones y la productividad de las áreas arrecifales adyacentes; mantener un pool genético variable en poblaciones del área de recuperación como un seguro contra el fracaso de planes de manejo de las áreas donde se permite la pesca y las actividades recreacionales y turísticas; mantener áreas de control para estudiar el impacto de la pesca y permitir una diversificación de los usos económicos de los recursos humanos.

La Junta de Calidad Ambiental asistirá y proveerá al Secretario toda ayuda e información necesaria relacionada con los factores ambientales y contaminantes que afectan directa o indirectamente al arrecife de coral y las comunidades coralinas y, en particular, los problemas relacionados a la sedimentación, descarga de cualquier desperdicio o sustancia contaminante y cualquier emergencia ambiental.

El Programa deberá identificar toda fuente de contaminación ambiental que cause daño al arrecife de coral y comunidades coralinas y recomendará medidas de control necesarias para evitar tal contaminación y cualquier impacto negativo a estos recursos.

Además, el programa examinará y recomendará sobre la colocación de los arrecifes artificiales en aguas territoriales de Puerto Rico que permita el incremento del número y la disponibilidad de hábitat y recursos para las especies de organismos arrecifales.