Los dineros de la Autoridad serán depositados con depositarios reconocidos para los fondos del Gobierno del Estado Libre Asociado de Puerto Rico, pero se mantendrán en cuenta o cuentas separadas a nombre de la Autoridad. Los desembolsos se harán por ella de acuerdo con los reglamentos sobre presupuestos aprobados por la Junta.
La Autoridad, en consulta con el Secretario de Hacienda, establecerá el sistema de contabilidad que se requiera para el adecuado control y registro estadístico de todos los gastos e ingresos pertenecientes a, o administrados o controlados por la Autoridad. Las cuentas de la Autoridad se lleván en tal forma que apropiadamente puedan segregarse, hasta donde sea aconsejable, tomando en consideración las diferentes clases de operaciones, proyectos, empresas y actividades de la Autoridad.