Los dineros de la Autoridad serán depositados en instituciones depositarias reconocidas para los fondos del Estado Libre Asociado de Puerto Rico, pero se mantendrán en cuenta o cuentas separadas a nombre de la Autoridad. Los desembolsos se harán de acuerdo con los reglamentos y presupuestos aprobados por la Autoridad.

La Autoridad, en consulta con el Secretario de Hacienda, establecerá el sistema de contabilidad que se requiera para el adecuado control y registro estadístico de todos los gastos e ingresos pertinentes a, o administrados o controlados por la Autoridad. Las cuentas de la Autoridad se llevarán en tal forma que apropiadamente puedan segregarse hasta donde sea aconsejable en relación con las diferentes clases de operaciones, proyectos, empresas y actividades de la Autoridad.

Las asignaciones presupuestarias del Fondo General, Fondo Especial para el Desarrollo del Transporte Colectivo Integrado que se crea mediante este capítulo, Fondo Especial para la Reestructuración del Transporte Colectivo de Puerto Rico que se crea mediante este capítulo, cualesquiera otros fondos especiales bajo la custodia de la Autoridad que se creen de tiempo en tiempo, o cualesquiera otros fondos que la Autoridad reciba mediante asignación legislativa o disposición de ley, serán contabilizados en el sistema de contabilidad central del Departamento de Hacienda (PRIFAS) y depositados en el Banco Gubernamental de Fomento. No obstante lo anterior, la Oficina de Gerencia y Presupuesto, el Departamento de Hacienda y el Banco Gubernamental de Fomento podrán conceder, con la anuencia de las tres entidades, dispensas a los requisitos de contabilización y depósito establecidas en este párrafo.