Los poderes de la Comisión de los Puertos estarán investidos en una Junta de Comisionados integrada por cinco (5) miembros nombrados por el alcalde. Los primeros cinco (5) Comisionados nombrados servirán términos de uno (1), dos (2), tres (3), cuatro (4) y cinco (5) años, respectivamente, a partir de la fecha de su nombramiento; pero subsiguientemente los Comisionados serán nombrados para servir un término de cinco (5) años. Para cubrir vacantes, el alcalde hará nombramientos por aquella parte del término aún sin expirar; Disponiéndose, que todos los comisionados desempeñarán sus cargos hasta que sus sucesores hayan sido nombrados y tomen posesión. Tres (3) Comisionados constituirán el quórum, salvo que cualquier acuerdo de la Comisión deberá tener por lo menos el voto afirmativo de tres (3) comisionados. La Junta de Comisionados designará un presidente de entre sus miembros y, además, podrá adoptar, enmendar y derogar los reglamentos internos y otras reglas de la Comisión de los Puertos, que no estén en conflicto con ésta u otras leyes, dispuestas para la administración de la Comisión de los Puertos. Los Comisionados tendrán derecho a cobrar una dieta de cien dólares ($100.00) por cada día de sesión a la que asistan, la cual podrá ser aumentada hasta un máximo de veinticinco por ciento (25%), una vez cada cuatro (4) años. Asimismo tendrán derecho al reembolso de gastos, durante gestiones oficiales, según estipulado en el Reglamento de Gastos de Viaje o reglamento aplicable.

La ineficiencia o abandono de deberes, o la mala conducta en el desempeño de su cargo, será motivo para que cualquier comisionado sea destituido por el alcalde; pero sólo podrá destituirse a un comisionado después que se le haya dado una oportunidad para defenderse personalmente o mediante abogado. Cuando los cargos sean formulados por una persona distinta al alcalde, será el alcalde quién tenga la facultad de celebrar la vista y resolver los mismos. Cuando los cargos sean formulados por el alcalde, será el Tribunal de Primera Instancia el que entenderá y resolverá sobre los mismos. En todos los casos, los comisionados tendrán el derecho de acudir en alzada al Tribunal de Apelaciones y luego ante el Tribunal Supremo de Puerto Rico. En caso de la destitución de un comisionado, se radicará el expediente de los procedimientos, junto con los cargos y conclusiones habidas en los mismos, en la oficina donde esté archivado el nombramiento de dicho comisionado.

Un Director Ejecutivo será nombrado por la Junta de Comisionados por el término y devengando la compensación que la Junta estime conveniente. La Junta establecerá el salario inicial que devengará el Director Ejecutivo, tomando como base la escala salarial establecida para este puesto en el Plan de Clasificación y Retribución de la Comisión de los Puertos, el cual deberá cumplir con la Ley para la Administración de los Recursos Humanos en el Servicio Público, según enmendada (o cualquier ley sucesora). El Director Ejecutivo estará a cargo de la supervisión general de los asuntos de la Comisión de los Puertos y tendrá los poderes que estén descritos en los reglamentos internos de la Comisión.