Todos los dineros de la Autoridad se depositarán en depositarios reconocidos para los fondos del Gobierno del Estado Libre Asociado de Puerto Rico, pero se mantendrán en cuenta o cuentas separadas inscritas a nombre de la Autoridad. Los desembolsos se harán por ella de acuerdo con los reglamentos y presupuestos aprobados por la Junta.
El Secretario de Hacienda, mediante consulta con la Autoridad, establecerá el sistema de contabilidad que se requiera para los adecuados control y registro estadísticos de todos los gastos e ingresos pertenecientes a, o administrados o controlados por, la Autoridad. El Secretario de Hacienda requerirá que las cuentas de la Autoridad se lleven en tal forma que apropiadamente puedan segregarse hasta donde sea aconsejable, las cuentas en relación con las diferentes clases de operaciones, proyectos, empresas y actividades de la Autoridad. El Contralor de Puerto Rico o su representante examinará cada tres (3) años, o en períodos menores cuando así se estime necesario, las cuentas y los libros de la Autoridad, incluyendo sus ingresos, desembolsos, contratos, arrendamientos, fondos en acumulación, inversiones y cualesquiera otras materias que se relacionen con su situación económica e informará respecto a las mismas a la Junta, al Gobernador de Puerto Rico y a la Asamblea Legislativa.